南沙开发区土地开发中心按照《广州南沙开发区(南沙区)政府统筹投资建设项目工程合同变更管理办法》的有关规定，坚持“估算控制概算，概算控制预算，预算控制决算”的原则，设“四关”加强对工程项目中标后合同变更管理，提高政府统筹资金的使用效益。
　　一是严把项目工程设计方案审核关。通过对现场的勘察，充分考虑地形条件、材料规格及价格、市政等因素，严格审核设计图纸，对不合理的方案责成设计单位重新设计施工图，同时细化、完善施工合同的有关条款，明确施工方应承担的必要风险，减少因现场条件、材料价格等不必要因素所造成的工程变更。
　　二是严把项目工程预算审核关。通过建立多渠道市场信息平台，及时进行市场询价，严格控制工程造价。在批准合理的项目工程合同变更时对施工费用及各种服务费用进行适当的下浮。如土地平整工程招标栏标价比财政评审价下浮20%以上，电力工程下浮30%以上。
　　三是严把项目工程合同变更关。该开发区土地开发中心对不符合条件的坚决不准变更，坚决杜绝利用工程合同变更的名义，以签订补充协议的形式将工程肢解，化整为零，规避监管。如在审议开发区土地开发中心实施的汽车城(二期)A标剩余面积留东村交熟地和南沙黄阁汽配工业园留东村交熟地等2项工程项目变更问题时，部分用地将不需使用，为避免基建资金发生沉淀，批准按已完成部分地块进行验收与结算，未施工部分不再施工，作为甩项处理。然后专门组织参建各方专题会议研究，聘请第三方验收测量核实，根据验收测量核实，减少填砂量共68972.6m3，审核净减造价2069178元，占合同造价的24%，土地中心采取的这一控制措施，有效地控制了投资，使建设资金和土地都得到了合理的使用。
　　四是严把项目工程施工管理关。通过加强工地现场管理和工程信息化管理，避免工程量增加。丰田汽车城的配套项目-黄阁汽配园用地平整工程总用地近70万平方米，吹填总方量约180万立方米，工程由各村以交熟地方式进行施工。在工程实施过程中，土地开发中心根据开发区招商引资计划，合理安排项目用地吹填工程，使建设投资资金做到可控和合理。